КОМП'ЮТЕРНЕ МОДЕЛЮВАННЯ КОМПЛЕКСОУТВОРЕННЯ БИЧАЧОГО СИРОВАТКОВОГО АЛЬБУМІНУ З БАРВНИКОМ ТІОХРОМОМ

Анотація

Вступ. Більшість груп лікарських препаратів у своїй структурі містять циклічні π-спряжені фрагменти, які забезпечують їх можливість вступати в різні типи взаємодій. Саме тому дослідження комплексоутворення білків з сенсорами з  π-спряженими фрагментами, які чутливі до особливостей навколишнього оточення і володіють гарними спектральними властивостями, можуть бути маркерами того чи іншого виду взаємодії і, як наслідок, функціональними елементами, що забезпечують те чи інше зв’язування лікарського агента. 

Методи. У цій роботі дослідження проводилися за допомогою декількох типів комп’ютерних моделювань, зокрема таких, як молекулярний докінг, молекулярна динаміка та квантова хімія.

Результати. Як сенсор у процесі дослідження було обрано природний барвник тіохром, що має розгалужену ароматичну π-спряжену будову, поглинання та люмінесценцію в діапазоні активних елементів білка, відповідно, може бути маркером того чи іншого виду взаємодії і свідчити про можливість бути використаним для створення аплікаційних ліків.

Висновки. Отримані дані відкривають шлях для подальших досліджень механізмів взаємодії π-спряжених молекул з білками.

Посилання

Capezza, A.J., & Mezzenga, R. (2024). Proteins for Applied and Functional Materials. Biomacromolecules, 25, 4615–4618. https://doi.org/10.1021/acs.biomac.4c00884

Gaponov, A.M., Pavlenko, O.L., Dmytrenko, O.P., Kulish, M.P., Ryzhkova, A.S., Lesiuk, A.I., Obernikhina, N.V., Łuszczyńska, B., & Kachkovsky, O.D. (2024a). Molecular heteroassociation in films of thiochrome and tryptophan. Molecular Crystals and Liquid Crystals, 768(3), 71–77. https://doi.org/10.1080/15421406.2023.2257515

Gaponov, A.M., Ryzhkova, A.S., Pavlenko, O.L., Dmytrenko, O.P., Kulish, M.P., Lesiuk, A.I., Kolomys, O.F., Obernikhina, N.V., & Kachkovsky, O.D. (2024b). Spectral features of films of bovine serum albumin with thiochrome. Molecular Crystals and Liquid Crystals, 1–6. https://doi.org/10.1080/15421406.2024.2355394

Pino, P., Vigani, B., Valentino, C., Ianev, D., Ruggeri, M., Boselli, C., ... & Rossi, S. (2024). Sustainable whey proteins-nanostructured zinc oxide-based films for the treatment of chronic wounds: New insights from biopharmaceutical studies. International Journal of Biological Macromolecules, 263, 130655. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2024.130655